Publication on data.gouv.fr

This dataset cannot be published on data.gouv.fr.
Show details…

Contacts

Ifremer
Other
BP 2059 Nouméa - 98846 NewCaledonia
Ifremer
Author
BP 2059 - 98846 NewCaledonia
Ifremer
Publisher

Credit

Centre Technique Aquacole - Adecal : pour les prélèvements 2011-2015

Distribution de Vibrio nigripulchritudo Non Typé (NT) identifié par multiplex PCR lors d'épisodes de mortalités signalés sur les fermes de L. Stylirostris dans le cadre du réseau d'épidémio-vigilance de Nouvelle-Calédonie

Type: datasetLicense: not specifiedCategory: biotaScale: 1 / 50000Last update: 4 years ago
Agricultural and aquaculture facilities

La carte présente la distribution de Vibrio nigripulchritudo NT (Non Typé) sur les fermes d'élevage de crevette L. Stylirostris de Nouvelle-Calédonie. Ces vibrios ont été isolés par multiplex PCR suite à des épisodes de mortalités signalés au réseau d'épidémio-vigilance de la filière aquacole de Nouvelle-Calédonie.

Data origin:

Données obtenues lors d'analyses par Multiplex PCR suite à des épisodes de mortalité signalés sur les sites d'élevage de L. stylirostris dans le cadre du REC.

Une première version de la donnée créée le 20/01/2012 était disponible dans Sextant, avec l'ensemble des souches isolées, dates de prélèvements,etc.

Pour faciliter la lecture, ces informations ont été synthétisées dans cette nouvelle donnée, avec une colonne par année et la codification suivante : D : détecté ND : non détecté NR : non recherché

Les histogrammes sont à lire de bas en haut pour les années 2007 à 2015.

Concernant la méthode d'analyse, il est important de préciser que pour l'espèce V.nigripulchritudo, la méthode utilisée permet de distinguer de façon spécifique les souches type "syndrome d'été" présentant un pathotype moyennement pathogène (MP) et celles de pathotype hautement pathogène (HP).

Par contre, cette technique ne permet pas de différencier les souches non pathogènes et les souches…

Display more…

Purpose: Deux syndromes récurrents menancent la viabilité des élevages de crevettes en Nouvelle-Calédonie. Les méthodes de diagnostic microbiologique ne permettent pas de discriminer la virulence des souches de V. nigripulchritudo, une méthode d'analyse par multiplex PCR a été développée afin de détecter simultanément les deux pathogènes (V. nigripulchritudo et V. penaeicida) et de déterminer leur pathogénicité. Cette étude a été menée sur des échantillons prélevés entre 2008 et 2010 sur 10 fermes d'élevage localisées sur cette carte. La carte a été mise à jour en mars 2016 afin d'évaluer la répartition géographique et temporelle des vibrios pathogènes.

Data life cycle, according to producer:
Creation date: March 30, 2012
Update frequency: as needed
State: on going

Resources

Pathotyping of Vibrio isolates by Multiplex PCR Reveals a Risk of Virulent Strain Spreading in New Caledonian Shrimp Farms

Publication scientifique présentant la méthode d'analyse Multiplex PCR, disponible sur archimer.ifremer.fr

15169.pdf
WFS Service

https://www.ifremer.fr/services/wfs/nouvelle_caledonie

IFR_NEW_CAL_VIBRIO_PATHOTYP_NIGRINT_2007_2015

Data preview

Spatial extent

Loading the map